روش‌های جداسازی توالی‌های مجاور یک قطعه شناخته شده در فرآیند مهندسی ژنتیک

کشت بیش از 3/170 میلیون هکتار محصول تراریخته در بیش از 28 کشور جهان و مصرف محصولات تراریخته در صدها کشور مانع از استمرار مخالفت برخی از گروه‌های به ظاهر طرفدار محیط زیست یا سلامت انسان نشده است. یکی از ملاحظه‌های ابراز شده از سوی این گروه‌ها احتمال وقوع اثرهای ناخواسته در نتیجه ورود تراژن در ناحیه‌ای از ژنوم میزبان است که ممکن است دارای نقشی حیاتی در کیفیت محصول باشد. برای ارزیابی نتیجه حاصل از ورود تراژن اطلاع از ردیف پیرامونی محل تلفیق تراژن می‌تواند مفید واقع شود. اگرچه تعیین ردیف ناحیه مجاور محل تلفیق تراژن جزیی الزامی از مراحل تجزیه ریسک در ایمنی زیستی محسوب نمی‌شود اما تولید کنندگان محصولات تراریخته و پژوهشگران این عرصه به صورت داوطلبانه و برای ایجاد اطمینان هرچه بیشتر در مصرف کنندگان این کار را انجام می‌دهند. روش‌های مختلفی برای تعیین ردیف پیرامون محل تلفیق تراژن پیشنهاد شده است که هرکدام دارای برتری‌ها و پیچیدگی‌های ویژه خود است. این مقاله این روش‌ها را مورد مرور و تجزیه و تحلیل قرار می‌دهد. این روش‌ها شامل روش‌های مبتنی بر همسانه‌سازی و روش‌های مبتنی بر پی.سی.آر هستند. همسانه‌سازی با وجود دقت بالا، به دلیل صرف زمان و هزینه زیاد، کمتر مورد استفاده قرار گرفته است در مقابل روش‌های مبتنی بر پی.سی.آر سریع و کم‌هزینه بوده و در سال‌های اخیر تعداد زیادی از این روش‌ها توسعه یافته‌اند که در سه گروه کلی پی.سی.آر معکوس، روش‌های مبتنی بر سازگارساز و روش‌های مبتنی بر آغازگر قرار می‌گیرند.